Los Señoríos Vascongados, desligados a partir del s. XIII del ámbito de la Corona de Navarra, reconocieron en 1200 como su Rey al de Castilla pero... con la condición de que se sometiera, respetara y mejorara el régimen separado, Foral, respecto de su Reino de Castilla; el Rey, pues, gobernaba con administraciones diferentes y distintas su Reino y los Señoríos Vascongados, mediante las instituciones propias de cada uno, sin injerencia de uno en los otros.
Navarra era en el s.XVI un Reino del ámbito francés, con propiedades desde el Golfo de Vizcaya hasta Cataluña que, extendiéndose desde el Sur de Francia, a caballo de los montes Pirineos, entraba en España de cuña entre los Reinos de Castilla y Aragón, lo que incomodaba a los intereses de los Reyes Fernando e Isabel, a la sazón enfrentados al Rey de Francia.
